В ноябре 1992 года согласно рекомендациям первого съезда работников культуры и искусства было принято решение о создании Агентства по культурно-историческому наследию Республики Алтай (АКИН). Первым директором агентства был Александр Сазонович Суразаков. 
За это время АКИН сделало немало дел в деле сохранения объектов культурного наследия. В числе основных достижений учреждения – принятие нормативно-правовых актов по сохранению культурного наследия Республики Алтай, строительство музея-усадьбы Г. И. Чорос-Гуркина в селе Анос Чемальского района, составление свода памятников истории и культуры по районам республики.
В настоящее время одним из основных видов деятельности агентства является паспортизация объектов культурного наследия, мониторинг их состояния, подготовка исторических справок об объектах культурного наследия. Агентство участвует в подготовке и издании альбомов, брошюр, научных сборников, проводит аварийные археологические раскопки на земельных участках, подлежащих хозяйственному освоению. Проводит работу по целевым программам, в том числе по сохранению и использованию нематериального культурного наследия.
На сегодняшний день в списке объектов культурного наследия Республики Алтай – 97 памятников истории и культуры, имеющих статус федерального значения, около 2000 – республиканского и муниципального значений.
Актуальным для республики является также учет культовых объектов. Согласно разработанной АКИН программе были проведены работы по благоустройству культовых объектов, расположенных вдоль автомобильных дорог.
По предложению Главы Республики Алтай, Председателя Правительства Республики Алтай Александра Бердникова АКИН совместно с Министерством культуры РА на границе с Алтайским краем установил ритуальный комплекс «Бай Таш».
В ближайшей перспективе работы Агентство планирует подготовить и издать свод памятников Усть-Коксинского, Чойского, Турочакского районов. Также планируется разработка концепции и эскизного проекта по благоустройству территории на слиянии рек Чуя и Катунь. Подготовлен проект постановления Правительства Республики Алтай о создании историко-культурного заповедника «Алтай – Алтын Кабай» в Онгудайском районе.
В настоящее время под руководством кандидата филологических наук Василия Петровича Ойношева агентство ведет работу по составлению списка объектов нематериального культурного наследия.